Universidad de Talca
search.button.filter.restore

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Item
    Identificación de moléculas tipo fármaco a través de modelado molecular de la interacción entre el canal iónico TRPM4 y la proteína KCTD5
    Autores: Peña Tejo, Luciano Esteban
    Autor Institucional: Universidad de Talca
    Profesor Informante: Vergara Jaque, Ariela Patricia
    Profesor Tutor: González Díaz, Wendy; Cerda Arancibia, Óscar
    En los últimos años, la superfamilia de canales iónicos del potencial receptor transitorio (TRP) se ha vuelto de interés para la investigación debido a su rol en diversas patologías. En mamíferos, la subfamilia TRPM ha ganado atención ya que está involucrada en varios procesos fisiológicos del cáncer, como la regulación de la proliferación celular. La expresión del canal TRPM4 ha sido reportada en cáncer de mama, donde se ha verificado una regulación positiva (aumento en transcripción), convirtiéndose en objetivo de investigación. El cáncer de mama es el tipo de cáncer que se diagnostica con más frecuencia en las mujeres y es la primera causa de muerte por cáncer entre las mujeres del mundo. Por lo tanto, la identificación de los factores biológicos involucrados en su desarrollo es clave para su entendimiento y fundamental para la caracterización de posibles dianas terapéuticas. Se ha reportado la asociación de TRPM4 con la proteína KCTD5. Esta última, modula al canal TRPM4 alostéricamente, aumentando su sensibilidad a Ca+2 y potenciando la migración celular dependiente de TRPM4. Además, la proteína KCTD5 también se encuentra regulada positivamente en cáncer de mama. Por consiguiente, estas proteínas podrían constituir nuevos potenciales biomarcadores para un diagnóstico complementario de malignidad y progresión de cáncer de mama. Además, podrían convertirse en nuevas dianas terapéuticas para tratar la enfermedad. En consecuencia, se hace necesario llevar a cabo una búsqueda de inhibidores del complejo TRPM4-KCTD5, y analizar si el desacoplamiento de esta interacción alterará la invasividad, la migración y/o la supervivencia de las células de cáncer de mama. Cabe señalar que actualmente existe escaso conocimiento sobre compuestos inhibidores de las proteínas TRPM4 y KCTD5. Por ende, la presente memoria de título tuvo como objetivo la identificación de moléculas tipo fármaco para inhibir la unión del complejo TRPM4-KCTD5. Lo anterior, mediante herramientas computacionales como el acoplamiento proteínaproteína, el cribado virtual y la simulación molecular. Se pudo determinar preliminarmente al compuesto 4-O-Desmetildoxorubicinona como un potencial candidato para impedir la asociación del complejo TRPM4-KCTD5. Este compuesto podría ser posteriormente estudiado de manera experimental.
  • Item
    Desarrollo de un modelo de Inteligencia Artificial para predecir eventos críticos de contaminación del aire en la ciudad de Coyhaique
    Autores: Cofré Díaz, Andrés Nicolás
    Autor Institucional: Universidad de Talca
    Profesor Informante: Velásquez, José Luis
    Profesor Tutor: Núñez Vivanco, Gabriel
    La contaminación del aire es una de las principales causas de los problemas de salud que afectan al sistema respiratorio de las personas, debido a la gran cantidad de materiales particulados presentes en el aire. Estos problemas de salud pueden ir desde un mayor riesgo de tener infecciones respiratorias hasta cáncer de pulmón, siendo la población más afectada la infantil, las embarazadas y las personas de tercera edad. La ciudad de Coyhaique es una de las ciudades con los mayores índices de contaminación del aire en Latinoamérica, en donde el factor principal es su alto consumo de leña para la calefacción, especialmente cuando está húmeda o en malas condiciones. Esta problemática ha sido tema de interés público y privado, y en los últimos años se han implementado diversas estrategias para mitigar los factores involucrados en este tipo de contaminación. Entre ellas se han propuesto, por ejemplo, el programa de recambio de calefactores menos contaminantes, el mejoramiento del aislamiento térmico de las viviendas para que estas mantengan mejor el calor, y también instrucciones de restricción para el uso de calefactores a leña al interior del hogar y el movimiento vehicular. A pesar de esto, la problemática persiste. En la actualidad, existe una creciente evidencia que indica que el empleo de modelos computacionales basados en inteligencia artificial, que promueven acciones y medidas preventivas, pueden tener buenos resultados en la disminución de elementos contaminantes. Para ello, es fundamental contar con mediciones tanto de parámetros de contaminación como de parámetros meteorológicos. En la ciudad de Coyhaique, existen dos estaciones meteorológicas que miden recurrentemente parámetros de interés y que, además, mantienen información histórica signifi cativa en términos de cantidad y calidad del aire. Así, con dicha información, se logró realizar la construcción de un modelo predictivo con una exactitud aceptable, la cual fue dependiente de la cantidad de información con la que se realizó el entrenamiento.
  • Item
    Análisis de genomas de cáncer utilizando múltiples técnicas ómicas y la teoría de trade-offs
    Autores: Gómez Rodríguez, Noemí
    Autor Institucional: Universidad de Talca
    Jefe de Proyecto: Alex
    Profesor Informante: Riedelsberger, Janin
    Profesor Tutor: Di Genova, Alex
    El cáncer de vesícula biliar es el vigésimo más común, con una mayor incidencia en Chile y sin una terapia dirigida aprobada. Aunque la mayoría de los cánceres son causados por variantes de oncogenes, existe una alta heterogeneidad tumoral entre pacientes y dentro de un mismo tumor. La integración de datos ómicos mediante análisis multiómico ha permitido determinar alteraciones genómicas que mejoran la comprensión de los mecanismos moleculares y abren la oportunidad para el desarrollo de potenciales terapias en cáncer. Utilizando el análisis de componentes principales, un método que reduce la dimensionalidad de los datos, y su aplicación en datos multiómicos a través de MOFA, es posible analizar estas alteraciones y comprender su contribución a los fenotipos tumorales. Los datos obtenidos pueden interpretarse mediante la teoría evolutiva de trade-off o Pareto, la cual señala que las células de un tumor evolucionan de acuerdo a las tareas que realizan cada una. La teoría del “trade-off” se aplica en cáncer para estudiar cómo las células adquieren las características que determinan su desempeño en las tareas que promueven su supervivencia. Identificar las tareas que desempeña el cáncer de vesícula biliar y cómo se asocian las diferentes capas ómicas con los fenotipos resultantes, creando el primer mapa molecular de este tipo de cáncer fue el objetivo central de la presente tesis. En este estudio, se utilizaron datos de transcriptoma y exoma para generar perfiles de expresión génica, mutaciones, y alteraciones en el número de copias. Estos datos fueron caracterizados e integrados en un análisis utilizando MOFA. El análisis reveló dos clusters de expresión: el Cluster A, caracterizado por una alta expresión de genes mitocondriales, y el Cluster B, con una alta regulación génica y expresión de snoRNAs del tipo caja H/ACA, cruciales para el funcionamiento ribosomal. La integración de MOFA para el Cluster A identificó dos factores latentes con la mayor varianza explicada en RNA, los cuales fueron analizados con ParetoTI bajo la teoría de trade-off. Esto permitió identificar tres tareas principales para este cluster: regulación metabólica y hormonal, división celular, y transición epitelial-mesenquimal (EMT). Las relaciones genotipo-fenotipo identificadas incluyen: (i) la tarea de EMT, asociada con una alta expresión de genes que regulan la matriz extracelular y la eliminación de genes supresores de tumores como CHL1-AS2; (ii) la tarea de división celular, vinculada a la alta expresión de genes que regulan la expresión ribosomal y la eliminación del gen CDKN2A junto con mutaciones en ASAMTSL1; y (iii) la regulación metabólica y hormonal, relacionada con la alta expresión de genes digestivos y mutaciones en genes de respuesta hormonal como ERBB2 y SMAD4. El mapa molecular resultante también estableció frentes entre arquetipos, incluyendo un frente de infiltración inmune e invasión relacionado con tumores metastásicos, y un frente de proliferación tumoral asociado, no solo a la mutación en ELF3, sino a la expresión de este gen mutado. En el Cluster B, de alta regulación epigenética, se identificaron genes importantes como MYH11 y DCN, y alteraciones en la región 5q13 y la amplificación de BCL9. Sin embargo, la baja cantidad de muestras impidió determinar las tareas para este grupo. Este proyecto contribuye a la comprensión de las tareas moleculares en tumores de vesícula biliar, estableciendo relaciones genotipo-fenotipo que pueden servir como referencia para estudios de medicina genómica.